MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly str. CFSAN000189 plasmid unnamed

Total Repeats: 430

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021817	ATA	2	6	41	46	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021817	CCG	2	6	135	140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_021817	A	7	7	157	163	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021817	TCA	2	6	196	201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021817	TAAA	2	8	209	216	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021817	AT	4	8	248	255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021817	TTG	2	6	291	296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021817	AATTT	2	10	314	323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021817	A	7	7	580	586	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021817	ATA	2	6	593	598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021817	T	8	8	634	641	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021817	T	6	6	685	690	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021817	GCTT	2	8	767	774	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021817	CGC	2	6	866	871	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_021817	ACC	2	6	876	881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_021817	TA	4	8	924	931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021817	AT	3	6	941	946	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021817	GCC	2	6	965	970	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_021817	TGTGA	2	10	998	1007	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021817	A	6	6	1020	1025	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021817	TACCTT	2	12	1727	1738	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021817	TCAA	2	8	1778	1785	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021817	TGA	2	6	1789	1794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021817	ATG	2	6	1808	1813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021817	CTG	2	6	1818	1823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021817	C	7	7	1832	1838	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_021817	TA	3	6	2419	2424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021817	TCT	2	6	2443	2448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021817	ATC	2	6	2461	2466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021817	TG	3	6	2549	2554	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021817	T	7	7	2569	2575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021817	CTG	2	6	2602	2607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_021817	GCG	2	6	2628	2633	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021817	CAT	2	6	2760	2765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021817	ATT	2	6	2768	2773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021817	GCG	2	6	2807	2812	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021817	GTG	2	6	2823	2828	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021817	TGT	2	6	2883	2888	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021817	TGA	2	6	3012	3017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021817	TTAT	3	12	3023	3034	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021817	AG	3	6	3036	3041	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021817	AAG	2	6	3059	3064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021817	GCA	2	6	3231	3236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021817	GA	3	6	3241	3246	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021817	GAA	2	6	3258	3263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021817	GGC	2	6	3286	3291	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021817	TCC	2	6	3314	3319	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_021817	TGG	2	6	3344	3349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021817	CTGC	2	8	4223	4230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021817	TGG	2	6	4318	4323	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021817	TCA	2	6	4419	4424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021817	GCCA	2	8	4454	4461	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_021817	CTT	2	6	4531	4536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021817	CCT	2	6	4791	4796	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_021817	TAC	2	6	4828	4833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021817	ACTT	2	8	4852	4859	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021817	GAC	2	6	4969	4974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021817	CGA	2	6	5052	5057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021817	ACTG	2	8	5086	5093	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021817	ACCA	2	8	5113	5120	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_021817	GCT	2	6	5132	5137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021817	GTT	3	9	5146	5154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021817	TCCAG	2	10	5172	5181	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021817	T	6	6	5424	5429	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021817	ACG	2	6	5526	5531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021817	T	6	6	5622	5627	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021817	TCC	2	6	6962	6967	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_021817	CAG	2	6	14535	14540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021817	GTCT	2	8	14556	14563	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021817	ATT	2	6	14578	14583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021817	CGG	2	6	14641	14646	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021817	TTA	2	6	15460	15465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021817	CA	3	6	15469	15474	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021817	TG	3	6	15480	15485	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021817	CCT	2	6	16139	16144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_021817	TGG	2	6	26593	26598	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021817	ACG	2	6	26627	26632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021817	TCC	2	6	26654	26659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_021817	ACTA	2	8	30721	30728	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021817	TGT	3	9	30739	30747	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021817	TAT	2	6	34110	34115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021817	AAC	2	6	34122	34127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021817	TAGA	2	8	34481	34488	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021817	TCC	2	6	34496	34501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_021817	ATTT	2	8	34521	34528	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021817	A	6	6	34536	34541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021817	ATT	2	6	34548	34553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021817	A	7	7	34608	34614	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021817	CCT	2	6	35106	35111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_021817	A	6	6	35113	35118	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021817	TAA	2	6	35163	35168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021817	TGG	2	6	35170	35175	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021817	TTAT	2	8	35178	35185	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021817	TAA	2	6	35234	35239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021817	CCA	2	6	35261	35266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_021817	A	8	8	35343	35350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021817	TTA	2	6	35788	35793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021817	AAATTT	2	12	35795	35806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021817	ATTT	2	8	35840	35847	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021817	AC	3	6	36064	36069	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_021817	GAA	2	6	36162	36167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021817	T	6	6	36191	36196	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021817	TTA	2	6	37264	37269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021817	TCA	2	6	37282	37287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021817	AGC	2	6	37308	37313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021817	AATA	2	8	37321	37328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021817	GC	3	6	37334	37339	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021817	TA	3	6	37346	37351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021817	TATT	2	8	37358	37365	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021817	AGC	2	6	37382	37387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021817	TGA	2	6	37399	37404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021817	AT	3	6	37414	37419	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021817	CGGAA	2	10	37443	37452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021817	TTA	2	6	37501	37506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021817	GCG	2	6	37521	37526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021817	GCA	2	6	37541	37546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021817	TAT	2	6	37683	37688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021817	AATA	2	8	37702	37709	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021817	A	6	6	37712	37717	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021817	AGA	2	6	37725	37730	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021817	AATA	2	8	37757	37764	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021817	ATA	3	9	37762	37770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021817	GCG	2	6	37798	37803	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021817	GCA	2	6	37810	37815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021817	CAG	2	6	37851	37856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021817	GT	3	6	38957	38962	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021817	CTT	2	6	39358	39363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021817	TTG	2	6	39364	39369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021817	GCC	2	6	39385	39390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_021817	ATG	2	6	39395	39400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021817	TGTTT	2	10	39823	39832	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021817	T	7	7	39830	39836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021817	CTG	2	6	39889	39894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_021817	GTT	2	6	39908	39913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021817	CGC	2	6	39937	39942	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_021817	GCGG	2	8	39959	39966	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021817	GAT	2	6	40015	40020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021817	GAC	2	6	40021	40026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_021817	ACG	2	6	40106	40111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021817	CGG	2	6	40151	40156	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_021817	GCG	2	6	40180	40185	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_021817	CAG	2	6	40358	40363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_021817	A	6	6	40372	40377	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021817	ACA	2	6	40387	40392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021817	TTC	2	6	40416	40421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_021817	A	8	8	40462	40469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021817	CAC	2	6	40488	40493	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_021817	ATT	2	6	40527	40532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021817	CTG	2	6	40945	40950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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280	NC_021817	ATT	2	6	61873	61878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_021817	CAGA	2	8	62850	62857	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
289	NC_021817	A	6	6	62865	62870	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_021817	C	6	6	62894	62899	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.